Lehetőségünk van a hibásan elkészült EKÁER bizonylatok törlésére. A funkció nem fizikai törlést jelent, hanem a bizonylat töröltté jelölését. Ez azért van így, mert az olyan bizonylatot, amely már kapott Tcn számot, nem lehet az EKÁER rendszerében fizikailag kitörölni.

Így a program csak törölt állapotúvá teszi a bizonylatot, valamint az a forgalmi bizonylat, amelyből kitöltődött, felszabadul és készíthető belőle új EKÁER bizonylat.

Az EKÁER sorozatoknál beállítható, hogy szállítólevélből vagy rendelésből kitöltött bizonylat esetén lehessen-e módosítani a forrás forgalmi bizonylatokat. Nem módosítható állapotban csak az EKÁER bizonylat törlésével nyílik lehetőség a forgalmi bizonylat módosítására.